Los bautistas no son "protestantes."

"Los bautistas... eclesiástica e históricamente no son protestantes porque no representan ni una ruptura con Roma, ni una ruptura con una de las iglesias protestantes." (Justo C. Anderson, Historia de los Bautistas, Tomo 1, Sus Bases y Principios, p. 154)

Aunque existen muchos puntos de coincidencia entre los bautistas y los protestantes, existen también divergencias doctrinales. Hoy en día no se notan tanto las divergencias puesto que las iglesias protestantes establecidas en las colonias americanas terminaron adoptando muchos de los principios proclamados y defendidos por los bautistas. Tampoco son protestantes los bautistas porque las raíces son distintas. Todas las iglesias protestantes surgieron de la Iglesia Católica Romana, directa o indirectamente. Sin embargo, las iglesias bautistas surgieron de un movimiento espontáneo basado en el estudio y la aplicación de la Palabra de Dios.